Vom 26. Oktober 2008 bis zum 28. März 2009 fliegt Jat Airways nach dem Winterflugplan. Der Verkehr wird mit 21 Ländern in der Region, Europa, dem Nahen Osten und Nordafrika abgewickelt. Zu 30 internationalen Destinationen werden 173 Flüge wöchentlich durchgeführt. Hinzu kommen noch 63 Flüge anderer Fluggesellschaften, mit welchen Jat Verträge über gemeinsame Nutzung der Linienflüge ("Codeshare") geschlossen hat. Neuigkeiten im Vergleich zu der vorjährigen Wintersaison sind Mailand und Thessaloniki sowie die größere Anzahl der Flüge nach Skopje.
 Ab dem 26. Oktober fliegt die Jat dreimal in der Woche nach Mailand, dienstags, freitags und sonntags. Flüge aus Belgrad sind für 13:10 Uhr geplant, der Rückflug aus Mailand für 16:25 Uhr Ortszeit. Die Tickets gibt es zum Promo-Preis ab 39 Euro für das Ticket in einer Richtung bzw. 69 Euro für das Rückflugticket, zuzüglich dazugehörender Gebühren.
Thessaloniki wurde am 01. Juni als Saison-Linie in den Flugplan integriert, aber die Jat wird auch weiterhin den Verkehr zu dieser Destination betreiben, da das Interesse der Passagiere groß ist. Während der Winter-Saison werden Flüge zweimal in der Woche durchgeführt, donnerstags und sonntags.
Die Anzahl der Flüge nach Skopje wurde von sieben auf dreizehn erhöht.
Diesen Winter fliegt Jat Airways am häufigsten nach Frankfurt, Wien, Moskau, Paris, London, Skopje, Sarajevo, Podgorica und Tivat. Auf den Linien zu diesen Destinationen verkehren die Flugzeuge der Nationalfluggesellschaft mindestens einmal am Tag. Auf den Linien nach Rom, Istanbul und Zürich sind sechs und auf den Linien nach Amsterdam und Düsseldorf fünf Flüge in der Woche vorgesehen. Nach Ljubljana, Stuttgart, Berlin, Triest und Kopenhagen sind vier Flüge wöchentlich geplant, nach Athen, Banjaluka, Mailand, Stockholm und Larnaka drei Flüge die Woche. Die Jat fliegt auch zweimal wöchentlich nach Thessaloniki, Brüssel, Tel Aviv und Dubai sowie einmal in der Woche nach Monastir.
Auf der Linie von Niš nach Zürich wird Jat Airways auch weiterhin zwei Flüge wöchentlich bieten, mit Abflugzeiten, die den Passagieren besser zusagen, sodass sie montags und samstags bereits am Vormittag die Schweiz erreichen. Dies ist besonders für jene Passagiere von Vorteil, die ihre Reise fortsetzen, da sie bessere Anschlussmöglichkeiten bei Flügen in Europa und nach Amerika haben.
 Jat ermöglicht ebenfalls eine Verbindung nach Hamburg und Hannover über Berlin, von wo aus die Reise mit Bussen fortgesetzt wird.
Dank der Zusammenarbeit mit den angesehensten ausländischen Flugunternehmen und den Geschäftsverträgen über gemeinsame Nutzung der Linienflüge werden Passagiere aus Serbien nach Wien mit Jat und Austrian Airlines sogar 27-mal wöchentlich fliegen können. Nach München und Frankfurt werden 21 Flüge der Jat und der Lufthansa geboten. Zweimal am Tag fliegen die Flugzeuge der Jat und der Aeroflot nach Moskau bzw. der Jat und der Air France nach Paris. Czech Airlines fliegt nach Prag jeden Tag.
Auch in dieser Saison bietet die Jat ihren Passagieren Verbindungen zu den größten Zentren in Europa und in der Welt. Zu den europäischen Zielen, die Jat nicht direkt anfliegt, werden gemäß den Verträgen mit Austrian Airlines, Lufthansa, Czech Airlines, Swiss, British Airways, British Midland, Icelandair und Finnair Codeshare-Verbindungen angeboten.
Den Passagieren, die Australien und Neuseeland, China, den Nahen, Mittleren und Fernen Osten oder Indien erreichen wollen, bietet Jat Airways die günstige Verbindung in Zusammenarbeit mit der Fluggesellschaft Emirates über Dubai und mit der Lufthansa über Frankfurt. Peking kann mit Aeroflot über Moskau, mit Air Chaina über Frankfurt oder mit Turkish Airlines über Istanbul erreicht werden.
Codeshare-Verbindungen nach Nord- und Südamerika werden angeboten: zusammen mit Virgin Atlantic über London, mit Martinair über Amsterdam, mit Swiss über Zürich, mit Lufthansa über Frankfurt/M und München, mit Austrian Airlines über Wien sowie mit Delta Air Lines und United Airlines über europäische Destinationen, die von Jat direkt angeflogen werden.
Nach Afrika können Passagiere aus Belgrad mit kombinierten Flügen von Jat Airways und Emirates, Turkish und SriLankan Airlines reisen.
Die Änderungen des Flugplans bleiben – der Nachfrage entsprechend – vorbehalten.
| 
