Les avions du "Jugoslovenski aerotransport" couvraient, à la fin des années 80, plus de 300 lignes, dont deux tiers étaient des vols internationaux. Au cours des années 1987/88/89 la JAT a battu tous ses records en reliant la Yougoslavie à 61 destinations à travers le monde et sur cinq continents, mais aussi en transportant 5 millions de passagers et 46 mille tonnes de marchandises par an. Durant cette période la Jat occupait une place importante parmi les plus grands transporteurs aériens de l'IATA et l'AEA, elle figurait parmi les 31 premiers du monde et les 10 premiers en Europe.

Au début des années quatre-vingt-dix commence la période la plus difficile de l'histoire de l'ex Yougoslavie - la guerre, la désintégration du pays et les sanctions qui ont directement et gravement  touché le transporteur aérien national. Dès la fin de ces événements tragiques la JAT est revenue sur le marché et a commencé à reprendre ses positions. En 1994 déjà, la Jat a repris ses destinations précédentes et a entamé une nouvelle phase de son développement, afin de pouvoir survivre sur le ciel mondial. Chaque année ses résultats étaient meilleurs et en 2006 la Jat Airways avait déjà transporté 1.207.712 voyageurs, 3556 tonnes de marchandises et 689 tonnes de courrier et pour la première fois après 1991, son chiffre d'affaire était positif avec un bénéfice net de 3,8 millions d'euros. Ces résultats étaient loin de ceux que la Jat souhaitait atteindre mais ils étaient la preuve d'une croissance permanente malgré la période extrêmement difficile que traversait le transport aérien.

L'association internationale du trafic aérien l'IATA a, au mois de février 2005, remis à la Jat Airways l'IOSA, le certificat confirmant que la JAT a atteint, qu'elle réussit a maintenir et qu'elle fait constamment des progrès vis a vis des plus grands standards du domaine du trafic aérien et de l'entretien technique. Au mois de décembre 2006 ce certificat est renouvelé et le transporteur national serbe est devenu la première compagnie aérienne dans le monde qui a passé les deux contrôles en complète conformité avec tous les 800 très sévères standards imposés par l'IATA. Ce certificat et d'une importance primordiale pour les passagers car il confirme que la JAT figure parmi les compagnies les plus sures sur le marché.

Son plus haut degré de sûreté, sa politique flexible concernant les prix, démontrées par une large gamme de tarifs promotionnels, son service et sa lutte pour de nouveaux marchés sont le meilleur signe de gratitude et de reconnaissance que la Jat peut offrir à ses fidèles passagers. A cause de sa ferme décision d'améliorer sans cesse les services qu'elle offre à ses voyageurs la Jat Airways a introduit dans son programme la réservation et la vente des billets par Internet. Ce projet a pour objet d'améliorer la qualité de ses services tout en rationalisant sa gestion, ce qui est en conformité avec sa stratégie professionnelle. La Jat était la première société publique qui a commencé à mettre en oeuvre sa restructuration ce qui est indispensable pour son changement de propriétaire, duquel la JAT espère le renouvellement de sa flotte et le retour à son ancienne position d'un des meilleurs transporteurs aériens en Europe. La décision définitive concernant le début de la réalisation de ce but stratégique a été apportée au cours de l'année jubilaire, durant laquelle la JAT fêté son 60ème anniversaire et huit décennies de transport aérien civil en Serbie.